Rotaryverksamheten börjar i de lokala rotaryklubbarna. Det finns sammanlagt ca. 270 klubbar i Finland och Estland, därav 20 i Estland. I större städer kan det finnas flera rotaryklubbar.

Varje rotaryklubb besluter självständigt om sin verksamhet, dock genom att iakta Rotary värderingar och mål. Rotaryklubbarna väljer årligen för klubben en president och övriga klubbfunktionärer, såsom sekreterare, klubbmästare och kassör.

Rotarys mest centrala verksamhetsform är klubbmötet, som i allmänhet hålls samma tid på samma ställe. Det mest vanliga är ett möte i veckan, men möten bör hållas minst två gånger i mån. Förutom klubbmöten ordnar rotaryklubbarna även annat program, såsom företagsbesök, föreläsningar och olika sorters medlemsaftnar.

Föredrag och inledningar som hålls på klubbmötena utgör en av grundpelarna i verksamheten. Föredrag hålls av klubbmedlemmarna eller av inbjudna sakkunniga om något fackligt eller annars aktuellt tema. Rotarianerna kan även bjuda in gäster till sina möten för att bekanta sig med verksamheten och att lyssna på aktuella föreläsningar.