Yksittäiset rotaryklubit ovat koko Rotary-toiminnan ydin ja perusyksikkö. Rotaryklubeja johtavat yleensä vuosittain vaihtuvat presidentit. Klubit kuuluvat Rotary Internationalin alaisiin rotarypiireihin, joita Suomessa on viisi. Rotary Internationalia johtavat presidentti ja hallitus (Board). Piirejä johtavat kuvernöörit.

Suomessa ja Virossa on 243 rotaryklubia ja niiden jäseninä on noin 7 800 rotaria.